Lưu Dụ lập Tư Mã Đức Văn làm Linh Lăng vương và cho xây phủ cho ông ở gần Kiến Khang. Tân Hoàng đế lệnh cho tướng Lưu Tuân Khảo (劉遵考), một người họ hàng xa, làm chỉ huy đội quân cảnh vệ, tuy bề ngoài là bảo vệ thân vương song thực tế là để giám sát ông.

Ngay sau đó, Lưu Dụ vẫn tin rằng Tư Mã Đức Văn là một mối đe dọa nên đã gửi cho tùy tùng trước đây của Tư Mã Đức Văn là Trương Vĩ (張偉) một chai rượu độc, lệnh cho ông đầu độc Tư Mã Đức Văn. Trương Vĩ không muốn làm theo lệnh nên đã uống rượu độc và qua đời. Tuy nhiên, trong lúc đó, nhằm ngăn ngừa Tư Mã Đức Văn có con trai kế tự, Lưu Dụ lệnh cho các anh em trai của Trử Hoàng hậu trước đây là Trử Tú Chi (褚秀之) và Trử Đạm Chi (褚淡之) hạ độc bất kỳ trẻ trai nào mà Trử Linh Viện và các thê thiếp sinh ra. Tư Mã Đức Văn rất sợ mất mạng, ông và Trử Linh Viện vẫn ở chung một nhà, Trử Linh Viện phải tự mình chi trả cho các nhu cầu vật chất của bà. Những kẻ ám sát do Lưu Dụ cử đến ban đầu không thể tìm thấy cơ hội ra tay với Cựu Hoàng đế.

Vào mùa thu năm 421, Lưu Dụ cử Trử Đạm Chi và Trử Thúc Độ (褚叔度) đến thăm Trử Linh Viện. Trử Linh Viện ra ngoài để gặp gỡ người thân tại một ngôi nhà khác, lính mà Lưu Dụ cử đến xâm nhập vào phủ của Tư Mã Đức Văn và yêu cầu Tư Mã Đức Văn uống thuốc độc. Ông từ chối, nói rằng giáo lý Phật giáo cấm tự tử và rằng những người tự tử sẽ không thể được đầu thai làm người trong kiếp sau. Do đó, các sát thủ sử dụng một tấm chăn để làm ông ngạt thở. Ông được chôn cất với vinh dự dành cho hoàng gia.